Historia naszej szkoły nie liczy sobie wielu lat, natomiast wiąże się ściśle z możliwościami, jakie przyniosła transformacja ustrojowa w Polsce po 1989 roku. Od początku swej działalności szkoła nawiązała bowiem do bogatych tradycji szkolnictwa katolickiego na Ziemi Wieluńskiej.

Najstarsze dokumenty o szkole katolickiej w Wieluniu pochodzą z roku 1388. O dobrze funkcjonującej szkole świadczą między innymi studenci Uniwersytetu Jagiellońskiego pochodzący z Wielunia, których w latach 1400-1501 było 41 (z Ziemi Wieluńskiej – aż 75).

Początki szkolnictwa średniego wiążą się z Zakonem Pijarów. Założyli oni w Wieluniu w 1691 roku kolegium. Kolegium Pijarskie przeznaczone było nie tylko dla szlachty, ale również dla młodzieży z niższych stanów. Chlubiło się ono znakomitymi uczniami i nauczycielami m. in. nauczycielem literatury polskiej był tutaj poeta Cyprian Leonowicz, a nauczycielem nauk przyrodniczych Józef Herman Osiński - późniejszy wykładowca Collegium Nobilum, znany jest jako autor podręcznika fizyki, autor pionierskich prac z dziedziny metalurgii i elektryczności. Po upadku powstania Listopadowego Kolegium zostało zlikwidowane. Był to wyraz represji władz carskich za udział młodzieży i duchowieństwa w Powstaniu.

Na początku XX wieku istniały w Wieluniu dwie szkoły średnie: szkoła żeńska Pelagii Zasadzińskiej, powstała w 1886 r. i powstała w 1906 r. z inicjatywy ziemian i duchowieństwa szkoła męska. Prowadziła ją Polska Macierz Szkolna . W czasie I wojny świtowej szkoła ta została przekształcona w gimnazjum realne. W 1914 r. Rada Opiekuńcza Szkoły zakupiła na jej potrzeby nieruchomość przy ulicy Śląskiej. W 1917 r. szkole nadano imię Tadeusza Kościuszki. W pierwszych latach niepodległości gimnazjum to przeżywało znaczne trudności materialne. Społeczeństwo Wielunia i okolic wobec groźby likwidacji gimnazjum zdecydowało się poszukać nowego protektora dla szkoły wieluńskiej, aby dzięki odpowiednim dotacjom finansowym zapobiec upadkowi gimnazjum.

Zarząd Towarzystwa gimnazjum na walnym zebraniu w dniu 6 stycznia 1932 roku przegłosował ustawę o oddaniu gimnazjum na własność Diecezji Częstochowskiej, w zamian za spłatę zadłużenia i dalszą rozbudowę szkoły. Uroczystość przejęcia szkoły przez ówczesnego biskupa częstochowskiego – Teodora Kubinę odbyła się 13.01.1932 roku.

Po Mszy św. w kościele farnym zaproszeni goście i grono pedagogiczne wraz z uczniami przekazali symboliczne klucze szkoły na ręce Bp. Teodora Kubiny.

Po otrzymaniu zezwolenia na przejęcie i dalsze prowadzenie gimnazjum wieluńskiego biskup Kubina zmienił nazwę szkoły z Gimnazjum Męskiego im. T Kościuszki na Gimnazjum Biskupie im. T. Kościuszki. Decyzja ta nie spotkała się z akceptacją państwowych władz oświatowych, w wyniku czego w 1933 roku szkoła, za zgodą kuratorium warszawskiego, przyjęła nazwę Prywatne Gimnazjum Męskie im. T. Kościuszki Diecezji Częstochowskiej w Wieluniu.

Szkoła miała dawać młodzieży podstawy pełnego rozwoju kulturalnego i przygotować do podjęcia studiów ze szczególnym uwzględnieniem studiów teologicznych. Szkoła początkowo przeznaczona była dla młodzieży męskiej wyznania rzymsko-katolickiego, ale od 1934 roku przyjmowano do niej również uczniów innych wyznań religijnych.

Od 1932 roku działało powołane przez biskupa Towarzystwo Przyjaciół Gimnazjum Biskupiego w Wieluniu, które zajmowało się nadzorem finansowym nad szkołą i gromadzeniem środków pieniężnych na dalszy rozwój gimnazjum. Szkoła, będąc prywatną placówką oświatową utrzymywała się z czesnego pobieranego od uczniów oraz darowizn przekazywanych przez miejscowe parafie. Dużą pomocą finansową wsparł szkołę biskup Teodor Kubina, dzięki któremu w latach 1932-1933 za olbrzymią wówczas sumę 100 tys. zł. wybudowano przy gimnazjum nowoczesną salę gimnastyczną, która jednocześnie pełniła funkcję sali teatralnej. Dzięki staraniom dyrektora szkoły ks. dr Stanisława Ufniarskiego, uczniowie pochodzący z mniej zamożnych rodzin byli zwalniani całkowicie lub częściowo z opłat za naukę, a szkoła oferowała nieodpłatnie miejsca w internacie, który znajdował się przy nowo wybudowanej sali gimnastycznej. Od 1934 r. Prefektem szkoły był ks. Maksymilian Binkiewicz, który pełnił także funkcję opiekuna internatu i harcerstwa oraz rektora w wieluńskim kościele św. Józefa.

Kres działalności Gimnazjum położył wybuch II wojny światowej Ksiądz Binkiewicz, uwięziony 6 października 1941 podczas masowych aresztowań kapłanów byłego powiatu wieluńskiego, po krótkim pobycie w obozie przejściowym w Konstantynowie, został przewieziony 27 października 1941 r., razem z innymi duchownymi do niemieckiego obozu koncentracyjnego w Dachau i zarejestrowany jako numer 28450.

Rozmodlony, pogodnie znosząc cierpienia nieludzkiego traktowania, niosąc pomoc chorym i starszym, skatowany 23 czerwca 1942 podczas ciężkiej pracy, zmarł następnego dnia.

Beatyfikowany został w grupie 108 błogosławionych męczenników 13 czerwca 1999 r. przez Sługę Bożego papieża Jana Pawła II na Placu Zwycięstwa w Warszawie. Obecnie jego imię nosi Publiczne Gimnazjum Stowarzyszenia Przyjaciół Szkół Katolickich w Wieluniu.

Obecne Katolickie Liceum Ogólnokształcące w Wieluniu rozpoczęło działalność 1 września 1993 roku. Starania o jego powstanie trwały ponad rok, gdyż od września 1992 roku ksiądz Stanisław Gancarek, założyciel Stowarzyszenia Przyjaciół Szkół Katolickich z siedzibą w Częstochowie, przyjeżdżał do Wielunia na spotkania informacyjne, które miały na celu gromadzenie zainteresowanych powstaniem nowej szkoły katolickiej nauczycieli, rodziców i uczniów. Działania te zakończyły się sukcesem i po uzyskaniu zgody miejscowych władz oraz właściwych władz oświatowych rozpoczęła działalność w naszym mieście pierwsza niesamorządowa szkoła średnia w powojennej historii Wielunia. Pierwszy rocznik w roku szkolnym 1993/1994 liczył 30 uczniów, uczących się w dwu oddziałach. Dyrektorem szkoły został mgr Zdzisław Turek, Dyrektorem Wychowawcą - mgr Violetta Błasiak, dyrektorem Zarządcą - mgr inż. Bogumiła Wojtowicz. W uroczystej inauguracji szkoły wziął udział Arcybiskup Metropolita Częstochowski - ks. dr Stanisław Nowak, przedstawiciel Kuratorium Oświaty w Sieradzu Andrzej Dąbrowski oraz Burmistrz Miasta Wielunia Zygmunt Adamski. Podczas inauguracji wykład pt. „Tradycje szkolnictwa katolickiego na ziemi wieluńskiej” wygłosił ksiądz profesor Jan Związek.

Pierwsza siedziba szkoły mieściła się przy ul. POW 14.

Na początku swej działalności KLO było szkołą niepubliczną o uprawnieniach szkoły publicznej, z płatnym czesnym. Dużą wagę przywiązywano do kształtowania dojrzałej osobowości ucznia. Wychowanie w systemie personalistycznym, opartym o wartości Ewangelii realizowane było w czasie zajęć szkolnych, a także na wyjazdach formacyjnych – rekolekcjach wielkopostnych oraz wakacyjnych oazach. Nowatorski program nauczania zapewniał bardzo dobre przygotowanie do egzaminu dojrzałości. Kilkunastoosobowe klasy, duża ilość godzin języków obcych, dodatkowe przedmioty, jak filozofia, języka łaciński i podstawy przedsiębiorczości  wyprzedzały o kilka lat założenia późniejszej reformy szkolnictwa w Polsce. W pierwszym roku działalności nawiązano również współpracę z irlandzkim Collegium św. Józefa z Athlone i podjęto starania, w wyniku których uczniowie uczestniczyli w szkolnej wymianie międzynarodowej.

31 sierpnia 1994 r. Arcybiskup Metropolita Częstochowski wydał Dekret uznający nasze liceum za katolickie.

Od 1 września 1995 roku dyrektorem szkoły został mgr Bogusław Kurzyński, który jednocześnie pełnił funkcję dyrektora nowo powstałej Katolickiej Szkoły Podstawowej. Szkoła podstawowa była efektem starania się środowiska o powołanie nowej placówki dla młodszych uczniów.

W kwietniu 1996 roku dla wspólnoty uczniów, rodziców i nauczycieli zorganizowana została pielgrzymka do Rzymu. 35 osobowa grupa pielgrzymów wraz z ks. Markiem Kurzyńskim, przeżywała wydarzenia Wielkiego Tygodnia z Ojcem Świętym Janem Pawłem II .

14 grudnia 1996 r. w kościele św. Stanisława BM odbyła się uroczystość przekazania szkole sztandaru oraz nadania jej imienia pierwszego biskupa częstochowskiego i prekursora szkolnictwa katolickiego na Ziemi Wieluńskiej - Teodora Kubiny. Uroczystości tej przewodniczył Arcybiskup Meropolita Częstochowski ks. dr Stanisław Nowak, który ustanowił również dla szkoły jak patrona św. Franciszka z Asyżu. Stało się to jako wynik postulatu młodzieży szkolnej, która postanowiła przyjąć za swojego świętego orędownika i wzór do naśladowania Biedaczynę z Asyżu.

W uroczystości uczestniczyli: burmistrz miasta - Zygmunt Adamski, założyciel szkoły - ksiądz. Stanisław Gancarek, miejscowi proboszczowie wraz z ks. Marianem Stochniałkiem, ks. Michałem Sudołem, ks. Lechem Dębskim, ks. Pawłem Kostrzewą oraz prefekt szkoły ks. Jacek Zieliński, Zdzisław Turek - pierwszy dyrektor liceum, inicjator ufundowania sztandaru, władze oświatowe, dyrektorzy wieluńskich szkół średnich i szkół Stowarzyszenia Przyjaciół Szkół Katolickich, nauczyciele, rodzice i uczniowie. Rodzice przekazali pocztowi sztandar, po czym odbyło się uroczyste ślubowanie i ucałowanie sztandaru.

1 września 1997 roku, po uroczystej Mszy św. nastąpiło uroczyste przejście uczniów, nauczycieli i zaproszonych gości do budynku Kurii Metropolitalnej przy ulicy Śląskiej 23. Budynek ten przez okres kilkudziesięciu lat po II wojnie światowej użytkowany był przez wieluńskie I Liceum im. Tadeusza Kościuszki. Po wybudowaniu dla liceum państwowego nowego obiektu przy ulicy Nadodrzańskiej, nastąpił zwrot siedziby prawowitemu właścicielowi, który przeznaczył obiekt na siedzibę dla Katolickiego Liceum Ogólnokształcącego SPSK w Wieluniu. Od tej chwili, staraniem dyrekcji szkoły, rodziców i władz Stowarzyszenia Przyjaciół Szkół Katolickich, przy wykorzystaniu środków z różnorakich funduszy (np. EFS), następuje stała modernizacja budynku szkoły i jego otoczenia. Na zewnątrz widać zwłaszcza odnowioną elewację oraz dziedziniec szkoły, który stanowi ulubione miejsce rekreacji uczniów w okresach sprzyjającej pogody. Ciągle zwiększa się także i modernizuje baza dydaktyczna i wyposażenie w pomoce naukowe.

W maju 1998 roku szkoła nasza osiągnęła następny kamień milowy. W wyniku pierwszego egzaminu maturalnego szkołę opuściło 23 absolwentów.

Wkrótce minie 25 lat od powstania naszej szkoły – najmłodszego liceum grodu wieluńskiego. Opuściło nas już 20 roczników maturzystów, a szkoła wciąż dostosowuje swoją ofertę do zmieniającego się rynku edukacyjnego i sygnalizowanych potrzeb aspirujących kandydatów.

W związku z tym w roku 2016 pojawiła się nowa jakość: I KLASA TECHNIKUM ANALITYCZNEGO SPSK. Ten wymagający kierunek kształcenia, realizowany w klasie pod patronatem Wydziału Chemicznego Politechniki Łódzkiej, przy wsparciu znanej wieluńskiej spółki KORONA Candles S.A., stanowi krok w kierunku tych uczniów, którzy pragną skorzystać z szansy wczesne przygotowanie ZAWODOWE.

I wciąż mamy nadzieję, że idea szkoły, w której integralny rozwój ucznia jako człowieka, chrześcijanina i obywatela jest celem nadrzędnym, przyciągnie do nas następnych młodych ludzi, dla których – choć na krótkie trzy lata lub cztery – stare mury przy ulicy Śląskiej 23 staną się przystanią i portem przed wyruszeniem na głębię dorosłego życia, na drogę doczesnego ludzkiego pielgrzymowania.